云隐村的龟岛上，鸣人获得九尾CKl后，开启了九尾模式，却意外听得大和队长与阿凯谈论第四次忍界大战的事情，于是对自己此行的目的产生了怀疑，他来到自来也的房间内，发现里面的自来也只是个影分身。
于是心中了然，战争围绕着自己身体内的九尾开始打响，而且由于战事吃紧，自来也被木叶高层要求参战，没奈何自来也只得在凌晨就偷偷的溜走，而且为了让鸣人安心隐蔽，留下了影分身，结果被鸣人的九尾模式看穿。
于是鸣人也将计就计，留下一个影分身，自己则偷偷的离开龟岛，凭借着仙人模式的感知力，感应到了战场所在，当即朝着那里赶去，谁知在中途的时候遇见了前来抓捕九尾的秽土宇智波鼬与长门，由于宇智波鼬把止水的别天神写轮眼送给了叶清，所以他发动万花筒时并没有被改写意志，与长门联手抓捕鸣人，鸣人不甘受戮，九尾模式发动，和鼬、长门三人乱战一通。
而佐助再了解自己的心结后，带着CF小队在前往战场的路上，意外遇到了正在大乱斗的鸣人、鼬与长门，佐助惊奇鼬的存在，于是上前截住鼬并与其交手，其他人也上前参战，协助鸣人对战长门。
鼬看出佐助的心意是在保护木叶，心里十分高兴，一边和其打斗一边回忆，兄弟俩相爱相杀，而经过鼬的述说，让佐助的心彻底的安静下来，他开始晓得鼬的痛苦，以及那种夹在木叶与家族之间的煎熬，终于他为了和平选择牺牲了自家，而只提出了一个要求：保护佐助....
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另一边，叶清也在铁匠明智拓海那里拿到了由雾隐六刀锻造的神兵利器：绯红女皇，长恨刀，天双刃（双），中原无极刀，荆轲战斧，乾坤双环，井中月护腕以及白金丝软鞭。起初叶清准备把这些神兵利器作为风神流武道馆的镇馆之宝传承下去，谁知在几十年后他就改变了注意，因为他遇到了一位来自天邦汉朝的刺客魏延，因为叶清本身就是秦始皇一脉，所以心中念着薪火之情，便将中原无极刀，荆轲战斧，乾坤双环，井中月护腕以及白金丝软鞭统统送给了魏延，让其带回天邦，期间叶清还把释灵玉佩还给了魏延，此为后话，暂且不提。
却说叶清将神兵利器收进写轮眼空间后，便只身前往雨之国，找到了第四次忍界大战的主谋阿飞，表明自己手里有阴九尾，要与阿飞做一次交易，阿飞原本就因为丢了宇智波斑的轮回眼而懊恼，听到叶清的话，当即同意了叶清的条件，因为叶清只是要绝手里的戒指“玄”。
交换之后，叶清便离开了，而阿飞则是召唤出外道魔像把阴之九尾封印掉，虽然少了鸣人体内的阳之九尾，但也已经能够将其复活，威力也比原著大大的提升，阿飞当即带着复活的外道魔像来到战场，发动了有史以来最强大的攻击。
因为缺席了九尾鸣人和八尾奇拉比的缘故，忍者联军被外道魔像的尾兽玉打的死伤惨重，八万忍者联军只剩下不到四万人，还包括伤患、失去战斗力的忍者，但庆幸的是木叶的小强们无一伤亡，就连原本死在这场战争的日向宁次也活着。
叶清眼见战场上双方都消耗的差不多了，便找到了正准备偷袭大和队长的药师兜，发动第二次别天神改写药师兜的意志，并让其解除了秽土转生，然后把他放了——毕竟药师兜其实也是个被团藏玩弄的可怜人。
随着战场上的秽土大军的消亡，同样秽土转生的宇智波斑却并没有消亡，因为药师兜解除秽土转生从而失去了对宇智波斑的约束，而宇智波斑恰好懂得秽土转生这门禁术，于是通过发动秽土转生并施加在自己身上，使得自己变成了自己的约束者，而继续活了下来。
此时五影们已经被宇智波斑揍得的死的死、伤的伤，已经完全丧失了战斗力，宇智波斑兴趣缺缺的离开了此地，因为他已然察觉到他的宿敌千手柱间与其弟弟千手绯间的到来，于是几位宿命冤家开始了新一轮的战争。
另一边，在药师兜解除秽土转生后吗，战场上的秽土大军也已全部消却，然而忍者联军的数量却还在锐减，那是因为由阿飞所操控的近乎十尾完全体的外道魔像太过厉害，每一道忍术都能轻而易举的收割一大片联军忍者的性命，但忍者联军们依旧不放弃战斗，继续听取总部的指挥投身于外道魔像的炮火之中。
终于，忍者联军的负隅顽抗使得阿飞决定让外道魔像进化成十尾——虽然那样他会无法完全控制十尾，但对于一心想要毁灭世界的阿飞来说，还有什么比这个重要的呢？
于是外道魔像进化，成为了近乎完全体的十尾，历史上的灾难开始重演，剩下的忍者联军拼命的阻击，压根抵挡不了十尾凶猛的尾兽玉，终于十尾在恢复不久后就暴动起来，嘴中凝聚了一个超大尾兽玉，对着战场上的忍者联军喷了过来，就当忍者联军认为命在旦夕的时候。一声低喝打破了死亡前的宁静：“飞雷神四段——开！”
众人只见一道金光闪过，接着尾兽玉已然消失不见，喘着粗气的卡卡西震惊的望着那个洁白如火的御神袍，眼中流出了热泪：“水门老师——”，而一旁的春野樱则吃惊的望着那英伟帅气的身影，喃喃说道：“第四代火影？那...就是鸣人的父亲吗？”
没错，转移尾兽玉并拯救了忍者联军的救世主正是号称金色闪光的第四代火影波风水门，与之同来的还有第三代火影猿飞佐助，他看了看身后仅存的两万左右、伤残皆有的忍者联军，眼中充满了怒火：“敌人竟然如此丧心病狂，发动的第四次忍界大战，无论从规模还是从伤亡上都超越了前三次战争！并且还玩弄死者，真是不可饶恕——”
而阿飞则是眼神烁烁的盯着那道洁白如火的波风水门，心中充满了怨恨，他不顾十尾失控的风险，用意志命令十尾火力全开，对准忍者联军发射大量的尾兽玉，他恨恨的说道：“水门老师，这回我看你能搭救多少人！你这个在危机时刻，永远迟到的金色闪光！！”
海量的尾兽玉让波风水门也感到棘手，正当头疼的时候，佐助的CF小队与鸣人及时赶到，鸣人见状当即把九尾CKL散发出去，护住了在场的忍者联军，而佐助则写轮眼开启了完全体须佐能乎，挡下了大部分的尾兽玉，饶是如此也让二助子震的晕乎乎的。
于是在水门的建议下，鸣人佐助两人联手，须佐能乎与九尾外衣合体，使出加具土命射向十尾，倒也成功的阻击了十尾的进攻，这让在场残余的忍者联军大松了一口气，终于得救了了呢.....