忍者联军总部得知秽土转生大军的存在后，火、风、雷、土、水五影决定前往战场，谁知在半道上遇到了药师兜秽土转生的宇智波斑，宇智波斑一个人挑五影毫无压力，反而五影有些吃力，毕竟对方可是和初代齐名的宇智波斑。
另一边鸣人在漩涡玖辛奈的帮助下成功吸收了九尾CKL，在得知第四次忍界大战开启后，不顾阻拦一个人前往了前线，却在中途遇见了秽土转生的宇智波鼬与长门，由于鼬把别天神写轮眼送给了叶清，所以自己没有被改变意志，开始抓捕鸣人，鸣人不甘受戮，于是三人乱战一通。
而佐助带着CF成员截住了御手洗红豆带领的木叶侦察小队，双方发生战斗，御手洗红豆被佐助生擒，继而用她身上的天之咒印复活了大蛇丸，而御手洗红豆则因为承受不住咒印的疼痛昏迷了过去，而其余的人则中了佐助的幻术纷纷倒地。
在佐助一行人走后，药师兜突然出现，想要带走御手洗红豆以及侦察小队成员，却被及时赶来的叶清阻止，药师兜知其剑豪的厉害便金蝉脱壳逃遁，而叶清则是唤醒侦察小队的成员，告诉他们自己已经在药师兜身上种下空间术式并承诺说会把药师兜带回来，接着让他们把昏迷的御手洗红豆带回木叶。
重获新生的大蛇丸似乎熄灭了占据佐助身体的意思，并主动带着佐助潜入到木叶漩涡一族的祠堂，找到了死神面具，施展逆尸鬼封尽将死神体内的四位火影千手柱间、千手绯间、猿飞日斩以及第四代火影波风水门，佐助便向四位火影询问当年木叶与宇智波一族的往事。
佐助被火影们说动，决定替鼬完成保护木叶的动作，四位火影听闻发生第四次忍界大战，当即要求前往阻止宇智波斑，然而第四代火影波风水门却被问询赶来的叶清阻止，在和佐助一番交涉后，叶清出手抽取了波风水门体内的阴之九尾，而波风水门只是个秽土转生出来的，所以并没有死掉，只是有些担忧，却不知叶清收取他体内的阴之九尾是因为叶清不想杀鸣人。
不过在佐助的要求下，四位火影也被大蛇丸解除限制恢复了自由，当即便提出赶往战场，波风水门和千手绯间分别抓住千手柱间与猿飞日斩，发动飞雷神赶往了前线。
而佐助等人在行进的过程中意外遇到了正在大乱斗的鸣人、鼬与长门，于是佐助等人上前参战，协助鸣人。鼬看到佐助的心意是保护木叶，心里十分高兴，一边和其打斗一边回忆，两兄弟俩相爱相杀，其他人都去对付长门。
叶清又溜号了，他来到云隐村找到了躲藏在龟岛下面的鬼鲛，并将其斩杀回收了戒指“南”，鲛肌大刀被叶清随手送给了水月，水月对其爱不释手，新的斩首大刀也弃之一旁，被叶清收回，在战争结束后把斩首大刀重新铸造成一把空牙刀，一把流刃若火剑，两把天双刃（阴阳）和两把无极刀（阴阳）。
接着叶清来到雨之国，找到阿飞，说明自己手里有阴九尾，要与阿飞做一次交易，阿飞原本因为丢了轮回眼而懊恼，听到叶清的话，当即同意了叶清的条件，因为叶清只是要绝手里的戒指“玄”。
交换之后，叶清便离开了，而阿飞则是召唤出外道魔像把阴之九尾封印掉，虽然少了鸣人体内的阳之九尾，但也已经能够将其复活，于是阿飞当即带着复活的外道魔像来到战场，并发动了有史以来最强大的攻击。
因为没有鸣人和奇拉比的缘故，忍者联军被外道魔像的尾兽玉打的死伤惨重，八万忍者联军只剩下不到两万人，还包括伤患、失去战斗力的忍者，但庆幸的是木叶的小强们无一伤亡，就连原本死在这场战争的日向宁次也活着。
叶清眼见战场上双方死伤的差不多了，便找到了药师兜，发动别天神改变药师兜的意志，同时也让其解除了秽土转生，然后把他放了，毕竟药师兜也是个可怜人。战场上的秽土转生大军纷纷消亡，宇智波斑也随之消亡，只剩下忍者联军一万多的忍者，却还在锐减，因为阿飞操控的外道魔像太过厉害。
叶清将手里的戒指全部戴上，终于知晓了一切缘由，自己的前世竟然是东方大秦王朝秦始皇的长子扶苏，被徐福收为弟子，道号丰绅一青，又娶了辉夜姬。
不过因为施展神通-神足通拯救了九大侍卫也让一青耗尽了生命力，临死之际却被徐福用神通逃脱宿命轮回，元神白日飞升。（大秦史称公子扶苏的自杀，实际只是秦二世为了掩人耳目，把扶苏的道家善念分身杀了，也就是本文开头叶清梦到的那个神迹现场。）
而徐福则身死道消，化为神树。而一青的肉体在元神离去后则如行尸走肉一般，化名皇天子统御祖之国的臣民，后来发生暴动，辉夜姬吞噬了神树果实发动幻术把整个忍界的人民拘禁，后来生下两个儿子羽衣和羽村，接着神树暴走成为十尾，两个儿子发现忍界真相，联手封印辉夜姬，把忍界从幻术中解脱出来。
羽衣把十尾灵魂分裂成九个，就是九大尾兽，而神树尸体则被其用地爆天星包裹抛向月球，羽村为了看守十尾便带领部分族人迁移月球，后来发生宗家与分家之战，整个族只剩下大筒木舍人一个。
在知晓一切秘辛后，叶清来到了战场，发动六道模式将暴动的外道魔像封印在自己体内，阿飞也被叶清制服，面具被打碎，原来是宇智波带土，木叶旗木卡卡西昔日的战友。
这时鸣人和佐助等人赶到，却发现战争已经完结，遇到卡卡西等人又是一番唏嘘不已，接着鸣人知道了带土与卡卡西的恩怨，于是发动嘴遁让带土回心转意，回归了木叶，此时忍者联军已经只剩下不到一万人，还是五大国拼凑而成的。
战后，各自回归，因为这场战役，五大国也放开了隔阂，相互走动起来，旗下忍者之间也不再有顾虑，纷纷交往起来。其中最受众人祝福的有：
旗木良友与山中井野，漩涡鸣人与日向雏田，奈良鹿丸和手鞠，佐助与香磷，佐井与春野樱，天天和日向宁次，我爱罗与祭，猿飞阿斯玛与夕日红。
至于小李、犬冢牙、油汝志乃以及水月和重吾那些个类人也找到了别国的女生，反正本国是找不到了。旗木卡卡西貌似在旗木良友的怂恿下追求静音，而海野伊鲁卡则因为相同的爱好与御手洗红豆走在了一起。
至于月光疾风与卯月夕颜一家，在改名为丰绅疾风与丰绅卯月之后，便和儿子殷德快乐的生活在雪之国，再也没有回到木叶，而殷德在长大后也被叶清收为弟子传授其剑法，并把檀木黑与象牙白传给了殷德。对了，两把刀还改了名字，檀木黑叫做疾风剑，象牙白叫做绯红剑，丰绅流剑法至此流传下去，后来收了个很有天赋的弟子叫做吉田松阳。
至于千手月则正式与风神叶清交往，不过被风花小雪带着雨硫也来凑热闹，鬼之国的紫苑也闻讯赶来，争着要和叶清生下一代女巫，叶清头疼不已，都要完结了还跑过来干嘛，没奈何几个女子都收进房中吧，反正也不可描述。于是就这般，猪脚和几位女主过上了没羞没躁的生活。（全文完）