“远野贵树因为父母调职而转校来到东京的小学。一年后，篠原明里也转校来到同一班级。两人因体弱多病，不擅长运动，而喜欢独自待在图书馆。虽然年纪还小，可是两人还是互相吸引，对方在自己心中的存在渐渐变得无法取代。
但是，两人亲密的世界因明里再度转校而悲哀地告终。之后，贵树一直努力地适应没有明里的世界。但在中学一年级的夏天，贵树收到明里写给他的信时，感情一下子再度涌现。
他们开始通信，并再次得到能够互相传达心意的幸福。那年冬天，贵树要转校去一个遥远的地方。比现在分开得更远，可能再也不能见面。于是两人在信中约定：在放学后贵树乘电车到明里身处的栃木县岩舟车站，会合时间是晚上七时……”
随着故事的发展，在作者细腻的画笔下，仿若一副精美的画卷徐徐展开。
看似平淡的剧情，每一笔每一画似乎都弥漫着一种淡淡的忧伤，仿佛流水涌在心田，青宁的心也被这两人所牵动，因为两人的分离而难过，因为两人恢复联系而喜悦……
明明只是两个小学生懵懂的感情，没有令人心惊动魄的剧情，没有海枯石烂的誓言，心灵却仿佛被洗涤一般。
当看到贵树一个人一遍又一遍的认真策划出行的路线，在成年人眼里一件再普通不过的小事，对于这样的小孩子却需要多大的勇气。
1995年3月4日，从早上开始下着寒冷的雨，中午时雨又变成了雪，仿佛连老天也在阻止两人。放学后，贵树按约定乘坐电车前往岩舟车站。却因下雪的缘故电车发生了晚点与停运，导致贵树错过了约定的时间。
外界大雪纷飞，贵树一个人孤零零的望着空旷的车站，青宁的心仿佛也抽紧了起来。
这个时候，真的无比痛恨作者的残忍，为什么要这么对待这样一个小孩子。这样一个小小的要求，难道都不允许他们达成。
正当青宁的心沉了下去，剧情突然翻转，在岩舟车站候车室，贵树发现明里依然在等着他。
这一刻，青宁忍不住感动。
候车室内，贵树吃过明里做的茶点，其后与明里一同前往其信中所提到的樱花树，雪夜中，两人在树下交换了初吻。
那天晚上，两人在田边的仓库休息了一晚。次日，贵树乘坐早上的第一班电车和明里告别了。
随着漫画的第一部分结束，青宁纠结的心终于放了下来，长长的吐出了一口气。并没有着急的看下面的内容，而是站起来泡了一杯咖啡。
一边品尝着咖啡的苦涩，一边细细回味这着短短的一幕带给她的震动。
随着年龄渐渐成长，已经无法回到小时候的纯真，每天繁忙的工作，让她感觉到压抑。然而看到这一部作品，那久违的美好回忆泉水一般涌了上来。
不知不觉，已经忘记了作为一个漫画编辑的工作，而是全身心的投入其中。
深吸一口气，继续看下面的内容。
然而随着第二篇《宇航员》的剧情开始，形势突变，原本以为两人历经艰难的见面，那懵懂的感情会更进一步。但是随着贵树的转校，住址的变化，两人的联系却渐渐断了。
而且从这一部分开始，视角变成了一个叫做澄田花苗少女。
澄田花苗看到从东京转校过来的远野贵树时，就已经喜欢上他。
看到这一剧情，青宁的眉头不由皱了起来，贵树和明里之间那种纯真的感情已经深深打动了她，无法理解这个时候为什么会出现其他女孩子。
当然，她也明白一部漫画需要剧情的起伏，才能够吸引读者，也许作者正是出于这个目的才有了这个女孩的登场。
然而这部漫画却不一样，那如流水一般的细腻画面，已经足够引人入胜，她更害怕作者破坏了这份平凡的感动，而是把这一部作品变成了无聊的三角恋情。
只是当青宁继续看下去，心态渐渐产生了变化。
无论上课时还是放学后，甚至带狗在海边散步时，花苗都会在视线的一角寻找他的身影。为了和贵树在同一所高中而拼命温习，虽然合格了但还是没有向他告白的勇气，一直都暗恋着贵树。
当看到这里，原本对花苗这个角色的出现而产生的不满已经消失殆尽，只剩下深深的叹息。
不知何时，花苗发现了贵树一直写着不是发往何处的手机短信，渐渐的意识到了他的心中装着某一个人，这件事让花苗更加无法表达自己的感情。
就这样，直到最后，她依然没有进行告白，但始终喜欢着贵树。
高中毕业后，贵树考取东京的大学。在其离开种子岛时，花苗前往机场目送贵树乘坐飞往东京的班机。
这一刻，青宁的心沉甸甸的，仿佛堵着一块石头，无比的压抑。
原本，以为花苗这个少女的出现是贵树和明里的试金石，然而故事的发展再一次超出了她的预料。
爱情最大的痛苦，恐怕就是明明喜欢一个人，那个人的心中却有着其他人了，而且还深刻的知道自己根本无法走进这个人的内心。
明明贵树已经和明理失去了联系，但是因为心中的牵挂，始终无法摆脱过去，花苗的暗恋，从一开始就充满了悲情。
当看到花苗只能目送贵树乘坐飞机前往东京，埋藏在心中数年的话语始终没有说出来，仿佛也随之心碎。
贵树和明里的感情让人感动，但是花苗的暗恋同样让人同情。
这一刻，真的不满贵树的不解风情，为什么不能够珍惜眼前的人。然而一想到明里，又无法责备贵树，青宁的心也随着剧情的发展无比的纠结起来。
贵树、花苗、明理，三个少年少女之间的感情，让人牵挂。
终于，故事进行到下一个篇章，时间到了2007年的东京，远野贵树在从事系统工程师的工作，过着忙碌的日子。
和明里的联系已经断了太久了，甚至已经淡忘了曾经刻骨铭心的容颜，然而心中的那一份牵挂始终无法释怀。
季节和季节、年和年之间的区分变得暧昧起来，不知不觉，浑浑噩噩的度过数年。
某一天，贵树突然惊醒了。
2008年，贵树在春天来临前辞职了，他既觉得有无数的理由要他这样做，同时又觉得能令自己接受的理由其实一个也没有。
然而，心中有一种强烈的感觉，是时候有一个了结了。
不久空气慢慢变得暖和，樱花的季节也到访东京。在一个恬静的平日，中午过后，贵树披上薄外套，走在街上。
经过铁道时，与迎面而来的女子擦肩而过的瞬间，猛然想起了多年未见的明里。在通过铁道缓缓转过身，两人目光交错，就在心与记忆即将沸腾的瞬间，却被疾驰而过的小田急线列车挡住了视线。
那一刻，女人无名指上的戒指闪烁着光芒。
而在电车通过时，贵树就已在心中下了决定，待电车通过后发现女子早已离去时微微一笑转过身去。
在秒速五厘米间，他们发现了彼此。也在秒速五厘米之间，他们错过了彼此。