1、组织计划之谜。
在TV130《竞技场无差别胁迫事件(前编)》中，灰原哀曾在心里默默地说着：“工藤……你大概做梦也没想到……你已经……深深地介入了我们组织从半世纪前……就开始进行的秘密计划……”
哀说这句话的时候，我就一直在想，这到底指的是怎样的惊天大阴谋，可惜直到现在，也并没有很清晰的思路。
灰原在这里提到了很重要的一点，即组织的秘密计划开始的时间是“半世纪前”。
柯南整个故事是发生在平成六年，即1994年(其实就是开始连载的那一年，只不过现实世界已经过了十几年，而动漫里才过了几个月而已…)那么就是说组织的计划是开始于1944年前后。对历史比较敏感的话，会联想到这差不多是二战结束前后…
当然，此帖的目的只是浅谈，所以就不再深入讨论了，况且二战又是敏感话题，到此为止吧……
（如果各位朋友实在很有兴趣，可以另外发个帖，找我细细研究下，我对这个谜虽无清晰思路，但还是有一定想法的……没兴趣的话，就下一页吧…）
2、组织BOSS之谜
关于组织的BOSS，动画和漫画里从没露面过。对组织BOSS的猜测也成了柯南FANS茶余饭后最津津乐道的消遣……
这里也不谈太多，就说一个：FBI的詹姆斯。
很多人心目中组织boss的热门人选就是詹姆斯，不过我这里想说的不是这个，而是想提醒大家注意这一段，有可能跟詹姆斯的背景有关。在柯南·道尔所著小说《福尔摩斯》里，詹姆斯.莫里亚蒂是里面的反派BOSS，福尔摩斯对莫里亚蒂的评价是“犯罪界的拿破仑”！！！
关于他的智力，书里给出的说明是“至少与福尔摩斯势均力敌”！还有他所统治的犯罪组织，书里的说明比较长，这里就不打出来了。
可以确定的是，莫里亚蒂的组织和柯南里的黑衣组织的架构以及活动方式都非常相似。
以青山的聪明才智，如果他把新一当作福尔摩斯，那会不会让这个詹姆斯成为那个詹姆斯呢？？！！拭目以待吧……
3、宫野志保之谜
这是一个很经典的悬念。可能是青山刚昌埋下的最大伏笔之一：宫野志保（灰原哀）。
灰原的出现，给《名侦探柯南》主线带来了最革命性的突破。一个毒药的研究人员被毒药变小，而且生活在另一个同样遭遇的人身边。让原本扑朔迷离的事，变简单了。
但青山到底何时才彻底利用灰原这张皇牌，只能说，很期待！
这里就说一下宫野夫妇死亡之谜。据灰原说，宫野夫妇是在她出生后不久，也即大概17、8年前在研究途中发生意外死亡的，但是从她母亲艾莲娜留下录音带这种举动来看（TV341《厕所里的秘密（下篇）》），艾莲娜似乎早知道自己将不久于人世，所以这很可能并不是一起意外。
在TV345《与黑暗组织的对决，月圆之夜二元推理》里贝尔摩德曾对灰原说“要恨就恨从事那愚蠢研究的你的父母吧”。由此是否可以猜测宫野夫妇的死与她有关呢？
再来研究下录音带中艾莲娜的话，可以发现几个值得注意的地方：
首先是时机问题，即她选择在女儿18岁时把一些秘密告诉她。
其次是比较奇怪的一点，即她提起这个秘密时用的似乎是比较随便的语气。本来都已经说拜拜了才突然想起这件事，如果是很重要的事情的话应该一开始就说才对吧。
最后，是她对这个秘密的表述方式－－“其实妈妈是...”这句话的后半部分听起来应该是说明自己的身份吧。
我就想不通了，不知各位有什么看法……
4、贝尔摩德不老之谜
这是个号称“柯南史”上最大的疑团。有关这一点，我的想法颇多，要讨论分析的话，实在不是三言两语就能说清楚的。
以后我会发张《贝尔摩德不老之谜》帖，到时专门在里面详细讨论吧。
（目前该帖处于搜集资料阶段，要完全发出来，可能要2、3周之后。最迟在寒假结束前，一定发出来）
就说一点，我的观点是贝尔摩得没吃APTX4869。
5、怪盗KID目的之谜
怪盗基德，几乎是华丽的代名词。他每次出场，都会引来无数尖叫。他奇幻的魔术表演也给人留下深刻印象……
KID以偷盗为业，专偷宝石。然而他偷宝石的目的究竟什么呢？他经常将偷来的宝石物归原主，那么他到底要寻找一颗怎样的宝石？？！！（你别跟我说，基德是空虚寂寞，想找些事来消遣……）
难道……真如某同人文所言，他要找一颗与黑衣组织有关的宝石？？！！
6、APTX4869之谜
关于组织的研究的药APTX4869，还是有矛盾的地方：一方面组织是拿aptx4869当毒药使的；另一方面灰原却说她研究的是起死回生的药。这是怎么一回事？
在TV130《竞技场无差别胁迫事件》中，灰原说“人是不能违逆时光的洪流的，勉强逆天而行的人必定会受罚的”，“我研究的目的根本不在那种药物上，只不过是地球上大部分人类的愚昧贬低了它的存在价值而已”，她这些话又是什么意思？
贝尔摩德说的“我们既是神也是魔鬼，因为我们要令时光倒转，让人起死回生。”说的难道就是APTX4869？？！！
7、贝尔摩德“失误”之谜
这是我很感兴趣的一个问题，苦思良久却一直没有想到一个合理的解释。直觉告诉我，这问题可能很重要。
贝尔摩德假扮成新出医生在帝丹小学和高中展开调查，这说明她早就考虑到了宫野志保（灰原哀）有变小的可能。
在那么久的时间里，为什么仍然没能把灰原找出来呢？！！即便灰原没有去参加体检，但只要查一下最近转校生的资料，应该是很容易发现她的，为什么结果还是没有呢？
而且最后还是在很偶然的情况下－－博士自己请她上门才意外发现的！凭她的能力这怎么也说不过去吧？
另外，如果说贝尔摩德对哀是手下留情，也是说不过去的。因为后来她发现哀后立即就采取了行动，而且是处心积虑设下圈套！毫无疑问，她是想置哀于死地。贝尔摩德对哀并不存在像对新一和兰那样的感情。
那么对这个问题究竟该怎么解释呢？
青山的笔误－－这是我从众多不合理原因中，找到的唯一比较合理的解释，有点自欺欺人的感觉……
8、赤井秀一“殉职”之谜
赤井秀一的生死之谜，我以前就发帖作过详细分析，可以通过下面链接回顾一下。这里再简单说几句。
赤井秀一的“死”留下了重重谜团，使得许多人相信这是秀一和水无怜奈精心设下的一个布局。
而就在大家都期盼着秀一的回归之时，却突然出现了一个神秘人物冲矢昴，再加上水无所说的组织新出动的成员Bourbon，使得一切谜团都交织在了一起。这三个名字之间，究竟有着怎样的关系？
是秀一=冲矢=Bourbon，还是秀一=冲矢≠Bourbon，还是秀一≠冲矢=Bourbon，还是秀一≠冲矢≠Bourbon？
也许等待就是最好的答案……
9、赤井与灰原关系之谜。
在“红与黑的碰撞”系列最后几集里，哀说自己暂时还不想和秀一见面，这是为什么？
难道当年秀一还在组织时，与志保间有不可告人的秘密？！还是说他们之间曾经发生过一些特别的事？！！
这个谜难道又会和那个同人结局所说的那样？！！
最热门的柯南同人结局
10、灰原隐藏秘密之谜
灰原到底知道多少？她到底还有多少事情瞒着新一？
从哀的种种表现看，她知道的东西相当多，甚至还有可能知道组织boss是谁！那么她之所以一直不肯告诉新一的原因，可能是她认为即便是新一，他的能力也是不能和组织抗衡的，告诉他也只是害他而已。
其实灰原的心态的确很微妙，自从她拒绝FBI的证人保护计划之后，她的态度相比以前那种一味消极逃避是好很多了，仔细前后对比一下，应该不难发现。但在这件事上，她却还是没有勇气去面对。所以我才会觉得她是知道“那位先生”是谁……
如果不知道，她反而可能会没有顾忌，也不会阻止新一去调查。但令我不解的是新一居然也听了她的话，竟真的没去调查……以工藤新一的个性，应该不可能放着邮箱地址这么重要的线索不去查啊，而且当时又已经有FBI介入了，他一个人不行可以告诉他们，让他们帮忙啊，而且还有当时还有他的“战友”赤井秀一啊，为什么不告诉他？
百思不得其解……
哪个大叔脖子上的针啊。。听不太懂。。。结局是柯哀还是新兰？这个不清楚，因为作者还没透露呢。。我个人感觉应该新兰一起的，总觉得柯南已经把小兰当成生命的一部分了，危险的时候会担心她，保护她，小哀觉得她就是一个悲剧角色，尽管她才华横溢，又很漂亮，她与柯南充其量不过是搭档，知音，或者是生死之交吧不过我既支持柯哀，也支持新兰，她们都是好女孩啊，都跟新一很配啊