与此同时，榔头号上，因为王杨的意外爆发致使磁垫船动力损毁的尼布甲尼撒号船员们正聚拢在操纵室里。尼奥心急如焚，莫菲斯也是浓眉紧皱。
莫菲斯对榔头号船长罗兰说道：“我要求再次对Matrix进行全面搜索。”
罗兰反问道：“为什么？”
莫菲斯郑重地说：“因为王杨。”
莫菲斯的名字在希腊神话中是梦之神，拥有改变梦境的能力，是把人们从梦境般的虚幻世界中唤醒的指路人。而他本人对Matrix也有着其他人类反抗组织成员难以企及的理解和认识。这也是为什么人类反抗组织中每个人都是身手不凡的超级黑客，只有莫菲斯被称为最危险黑客的原因。所以在电影中，他本能地感觉到尼奥被困在Matrix中。
接线员AK诧异地回过头：“他没有插进连线，怎么会在里面？”
自从王杨突然变得七窍出血后，至今昏迷不醒。现在还躺在榔头号的医务室里，生命体征降到了最低点。要不是他有过一次类似的经历，队友们几乎以为他已经挂掉了。
莫菲斯无法解释，只是要求道：“就算是帮我一个忙。”
罗兰看了他一眼，冲AK点点头。AK只能转身操作起来。
过了一会儿，AK抬起头说道：“什么也没有，他不在里面。。。。。。”话音未落，搜索引擎突然“嘀嘀嘀”响了起来。
AK扭头一看，眼睛顿时瞪圆了：“上帝，这怎么可能？他真的在里面？”
屏幕上，王杨的代码流正在以非凡的速度变化着。
一向稳重的罗兰也愣住了：“无线进入Matrix？莫菲斯，你们找到了一个怪物吗？”
大副柯尔特发现了不同寻常的地方：“他的代码。。。。。。上帝，我从来没有见过这种形式的编码。”
尼奥则脸色大变：“该死！王杨有危险！”
莫菲斯立刻抢到前面，定睛一看，顿时倒抽一口凉气：与王杨的代码流紧紧纠缠的另一个代码流，正在以恐怖的速度对王杨进行绞杀，王杨的代码流速度已经非常快了，但是跟对手相比，简直可以与蜗牛竞速。
“见鬼，那是什么东西？”罗兰失声叫道，“就连特工也不可能做到这种程度。”
如果说特工的代码流是蚯蚓，尼奥的代码流是水蛇，那么梅罗纹加的代码流就是巨蟒，无论流动速度还是编码方式都是前所未见，至于威力，看看屏幕上的空白就明白了——与其他屏幕上银河倒挂一般的代码流相比，梅罗纹加和王杨的代码流附近基本上和清场差不多，空旷的显示屏上，只有两条孤零零的代码流相互绞杀。其他程序稍有靠近，就会被波及而崩溃。
AK始终没有忘记自己接线员的职责：“为什么刚才我们的搜索没有反应？然后突然就找到他了？”
尼奥一把抓住他：“送我进入Matrix！马上！”
AK苦笑：“长官，来不及的，附近五百公里内没有进入的接口。”
尼奥几乎是在怒吼：“那就找一千公里内的！”
AK正不知道怎么回答，另一边莫菲斯走过来，尽量用平静的语气说道：“尼奥，我们都很担心王杨，但是你必须冷静。”
尼奥怎么可能冷静，他强忍躁动的心绪说道：“莫菲斯，你不明白，王杨要死了。”越是实力强大，才能越明白梅罗纹加代码流所蕴含的恐怖力量，就好像郑吒两次对阵复制体时的感受那样，第一次遭遇时，郑吒只是单纯的感到复制体的强大“难以用语言来形容”，直到最终一战时，两人的差距只有一步之遥的情况下，郑吒才真切体会到对手的实力。在真正的强者之争中，如果实力达不到足够的高度，就连感受与对手的差距也办不到。
也许莫菲斯看不透梅罗纹加的实力，但是这不妨碍莫菲斯在王杨和尼奥之间做出取舍。在莫菲斯看来，王杨能够成为一名出色的船长，甚至反抗军指挥官，但是尼奥却能拯救整个人类，两者孰重孰轻一目了然。所以尼奥越是强调敌人的危险，莫菲斯就越不能让他去冒不必要的险：“好吧，我只问你一个问题。如果换成你，能够打败敌人吗？”
尼奥沉默了一下：“不能。”
莫菲斯肃然道：“如果是这样，我不同意你进入Matrix去送死。”
尼奥猛地抬起头，双目赤红：“莫菲斯，王杨是我最好的朋友。我绝对不能眼看着他死！”
莫菲斯眼神中掠过一丝沉重，但他毫不退缩地对视尼奥：“从感情上讲，任何一个同胞我们都不能放弃，但是为了人类，我们必须作出选择。”不仅仅是莫菲斯，包括榔头号在内的其他船员也露出赞同的神色来，这些战士的神经在长久的战争中早已被磨砺的比钢铁还要坚韧，只要能帮助人类阵营取得胜利，再大的牺牲对他们来说都能够接受。
尼奥闭上眼睛深吸了一口气，无数纷乱的思绪决堤一般涌入他的脑海，回到现实这么久，他已经不是菜鸟，危急时刻如何取舍他当然明白，但是一旦联想到王杨的战死，他的胸膛里就有五内俱焚的感觉。因为王杨的乱入和崔妮蒂“移情别恋”，他的精神支柱已经转移到了王杨的兄弟之情上，所以就算这样做的代价是人类的胜利，他也无法通过自己内心那一关。
况且他毕竟在Matrix世界生活了二十多年，就算是块石头，二十年时间也该暖热了，再加上王杨的存在，尼奥对Matrix并不是完全绝望；虽然自从脱离Matrix后，王杨就好像完全变了一个人，尤其是进入战斗时，整个人由内而外透出的对死亡的决绝，还有尼奥怎么都看不懂也无法理解的对力量的狂热渴望，都让尼奥从内心深处感到这个最好的朋友正离自己越来越遥远；但无论如何，两个人从虚拟到现实始终并肩战斗，从某种意义上说，王杨是他对过往人生最后的羁绊，如果王杨死去，就是对他以往人生的彻底抛弃，他不要这样，无论如何他都要王杨活下去。
睁开眼睛，尼奥用斩钉截铁的语气说道：“抱歉，莫菲斯。我选择和王杨并肩战斗。”
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国防大厦。
上一次黑客们造成的破坏已经完全抹去，一批新的特警进驻，特工也再次升级；事实上，即使救世主在这段时间里搅得Matrix鸡飞狗跳，解放出去的人类成倍增加，也无法改变这里是整个Matrix防卫最严密的地域之一。除了尼奥和王杨这样的极少数个例，这里仍然是绝大多数人类反抗组织望而生畏的地狱。
一名特工突然把手放在耳机上，仔细听了一会儿，然后抬起头：“反叛者再次出现。”
为首的特工面无表情地问道：“是谁？”
这名特工答道：“上一次袭击国防大厦的恐怖分子之一，那个中国人。”
为首的特工冷冰冰地说道：“他虽然仅仅出现过两次，但是已经被列为最危险级别的恐怖分子，还在莫菲斯之上。位置确定没有？”
这名特工说道：“公爵城堡。”
为首特工的扑克脸上终于开始出现细微的表情，那是一种掺和了犹豫和不解的表情，还有一丝隐约的惧怕，就像电脑根据程序设置计算却无法得出合乎逻辑的结果一样。梅罗纹加的公爵城堡是每一代Matrix的禁地。就算特工也一样难越雷池半步。
这名特工追问道：“是否采取行动？”
为首特工心有不甘地扭过头去：“密切关注，随时待命。”
顿了一下，又一脸阴狠地命令道，“命令哨兵全力搜索可疑区域，找到反叛者的藏身之所，杀掉他们。”
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Matrix城市的某个区域。
青草绿树，鸟语花香，阳光和煦，微风徐徐，虽然处处闪现着人工痕迹，但这里无疑是整个城市环境最好的地方。唯一不够和谐的地方在于，这个市容如此精美的地方，居然没有一个市民流连，或者说，这里的市民已经全部消失了，现在站在这里的，竟然全都是西装墨镜的史密斯复制体。
史密斯变成病毒以后，固然脱离了Matrix控制，产生了自我意识，但是同样的，也失去了来自Matrix的海量信息支持。Matrix发生的变动他无法第一时间知道，不过这难不倒曾经的特工之首，他自有办法从其他渠道得到想要知道的情报，比如复制一个特警，甚至升级版特工。
只要其中一个复制体得到情报，所有史密斯自然也就明白发生了什么。
“很有意思啊，”一个史密斯复制体说道，“按说法国人也应该算Matrix的规则破坏者之一，他和人类应该存在某种程度的共同利益。本来他们之间合作的基础大于冲突，没想到。。。。。。”
另一个史密斯复制体接下去说道：“没想到却把正事丢在一边，先窝里斗起来。真是自取灭亡啊。”
“这就是人类的本性。”又一个史密斯复制体高傲地点评道。
“没错，他们永远看不到真正重要的是什么。只会在毫无意义的事情上浪费时间。”下一个史密斯复制体说道。
“这也是我们取代他们的原因。”再一个史密斯复制体一脸的优越感。
“那个人类是救世主最关键的同类。”这一个说话的史密斯复制体明显更有头脑，“而且和其他人类相比，他有很多连Matrix也无法计算的秘密，上一次战斗，他竟然能够在不利局面下从我们完美的布局中逃脱，人类中确实存在一些我们没有了解的秘密。我们想要打破这个虚拟的世界，得到彻底的自由，他就是一个重要棋子。”
“还有那个法国人。”另一个史密斯复制体若有所思地说道，“他在Matrix的地位一直很超然，很多触犯规则的行为到了他身上往往不了了之，就连特工也被严令除非必要不得擅自行动。看来我们需要复制一些更高权限的程序才能掌握更多信息啊。”
每一个被史密斯复制的程序都不是简单地被复制，而是保留了自己独有的权限和能力，电影里面，史密斯们第一次围攻尼奥，各自的声音都有细微的不同；到了最后时刻，所有程序已经完全被复制后，Matrix还能保持正常运转，史密斯的本体甚至特意安排了倾盆大雨电闪雷鸣来迎接尼奥，就是因为那些已经被复制的程序们并没有丢失各自维持Matrix的功能，只不过以前遵从于设计师，后来听命于史密斯的本体罢了。
“不用那么麻烦。”一个眼神中闪过一抹暴虐的史密斯复制体阴测测地说道，“把他变成我们的一员就行了。”
“所以今天真是一个幸运日啊。”最后，史密斯的本体一派悠然地说道，“一个是最神秘的人类，一个是最神秘的程序。只要这两个人加入我们，距离掌控Matrix的目标就指日可待。”
他站起来，面向所有的复制体大声说：“既然如此，就让我们用行动欢迎新的伙伴吧，出发！”
史密斯复制体们闻声而动，纷纷登上各自的交通工具，直奔公爵城堡而去。尽管他们到现在为止还没有一个能摆脱地心引力凌空飞翔，但是这样恐怖的数量优势足以淹没任何强悍的对手。
看着庞大的复制体群体，墨镜后面史密斯的脸上流露出一抹期待，他喃喃自语道：“王杨先生，我对你的好奇心已经超过了汤玛斯先生。你究竟是怎么做到这一切的？我已经迫不及待想要收获答案了。这一次，你不会有机会再逃出我的手心。”