暗杀战术特殊部队，简称暗部，“暗杀战术特殊部队”，简称暗部类似于特种军队部门，暗部的成员都是从村子里筛选出的优秀忍者，主要进行保护影和预防外敌侵入忍者村的工作，有时还负责侦察敌情和暗杀等任务，任务的性质一般极其恶劣或枯燥，比如看守重要疑犯等。由于任务的特殊性。其成员行动时都戴着模仿动物的白色面具，任务性质及其他一切资料均被机密保存。暗部由影直属，一切命令由影发布，部队底下设多个四人或五人分队，由分队长统一转达命令和领导执行任务。任务时都是以代号而称的。
卯月夕颜（ユウガオ、26岁）：木叶暗部女上忍，紫色头发，端庄干练，美丽大方，火影护卫，擅长用刀，是月光疾风的恋人，多次出场。精通木叶流剑术，感知忍者，秘剑胧月夜；查克拉属性疑似是风，擅长用卷轴封印处理尸体。
田路（タジ、蛇慈、23岁）：木叶暗部，女医疗忍者，猿飞琵琶湖的弟子。负责给漩涡玖辛奈接生，九尾之乱中被阿飞杀。
奇介：暗部忍者，茶色长发，因缘际会，被间谍寂留所杀，灵魂被封印，后被鸣人等复活。他的妻子是个美丽的黑发女性，喜欢郁金香，被寂留杀害。
只一：大胡子中年暗部忍者，山中花店常客，与井野感情很好。被血龙眼操纵变成人体炸弹，阵亡。
镞——火野子（14岁）：木叶暗部忍者，茶色长发梳着辫子，美丽的青年女忍者。才能出众，被选为暗部，深受信任。使用光芒查克拉针攻击，能够跟踪追击，暗杀术。
胧：木叶暗部忍者，暗色火焰头发的中年男子。能够自由操纵查克拉量，擅长隐藏伪装。
老虎（トラ、30岁）：木叶暗部，拥有极强的脚力，心狠手辣，负责狙击逃走的忍者。负责监视宇智波一族的暗部忍者之一。
丑牛（ウシ、32岁）：千手扉间的直属暗部，因担心宇智波一族会出现造反，奉命日夜监视宇智波一族。
貘（バク、31岁）：率属于监视宇智波一族的暗部成员，接受了准备镇压造反的命令。
大象（ゾウ、40岁）：三代火影时代的暗部护卫班班长，精通秘传忍术，分析能力惊人。36岁时目睹了三代火影与大蛇丸在结界内交战，并友情客串了解说员。
影（22岁）：火影直属暗部成员1班成员，清秀的男子。佐井接近大蛇丸时，曾将他的情报交给大蛇丸。
羚羊（ガゼル、22岁）：五代火影纲手直属暗部护卫班成员，长发女性，率属于卯月夕颜小队。能够冷静观察敌人能力，分析出对策。（注：阵之书的新人物，个人感觉这人跟夕颜的角色重复，这是漫画和动画的冲突造成的。）
飞鸟：木叶暗部，发现了大蛇丸巢穴据点，但被药师兜发现打伤，传送回消息后自毁身亡。
根部
又称“暗部培训部门”，直接隶属于木叶元老志村团藏的独立组织，即不受火影的管制，也不受暗部所管辖，制服是白色或黑色披风。所谓“根”之人……没有名字、亦无感情……没有过去……亦无未来。心中只有任务……在背后支撑起木叶村这棵大树的是深扎于大地之中的……我等“根”的意志。
信（シン）：佐井的义兄，蔚蓝色头发，兵器是一把断刃。根部成员，做事有些慌慌张张。患上绝症过世。四战中被秽土转生，后自己摆脱，灵魂升天而去。
寺井（テライ、28岁）：根部成员，团藏命其抢在红豆之前优先处理药师兜，后下落不明。拥有不输于油女取根和山中风的实力。
飞扬（ヒヨウ、日用、21岁）：根部成员，佐井的前辈，笑脸面具，长发束辫子，曾多次出场传递团藏的命令，并在最后出手杀死和马。（注：原著中并未参与和马之乱。）
塔拉特吉姆：根部成员，负责监视红豆，后下落不明。
乙丙丁：根部忍者，大和在根部时的队友们。