皮岛明军虽然占据地利优势，但是孤岛四面漏风，防御上还是捉襟见肘的。
一旦清军突破外围的水师防线，便可四面攻岛。
不出意外，此战仍应该是一场摧枯拉朽的轻松大战。
然而，在皮岛军民顽强抵抗下，建奴第一波攻岛损兵折将并未成功。
皇太极见贝子硕托攻皮岛久不下，又命阿济格率兵一千往助攻。
阿济格是武英郡王，即朝鲜史料中的四王子。
其所率部队当是建奴八旗的精锐，这一千精锐极有可能是护军精兵。
另外，朝鲜实录还记载“清将马夫达领舟师七十余艘袭破椵岛”。
说明当时建奴还另外调动了马福塔所率水师来增援。
第二波攻岛部队新增加了阿济格部的一千精兵以及马福塔的清军水师。
整体上实力更上一层，足以体现当时建奴对皮岛的重视程度。
第二阶段攻岛，皮岛明军仍然可以在海上击败建奴，并让金玉和部不敢进援。
这足以说明在第一阶段，清军并没有对皮岛的海上力量造成过大的伤亡。
否则明军不可能在第二阶段，还能使加强后的清军水师失利。
第一阶段清军可能连岸都没登上去，全在海上跟明军消耗了。
阿济格是郡王级别的人物，其参与过松锦等大小战役。
多次出征明朝，是有名的骁将，其在朝鲜克五城，素以攻坚见长。
皇太极派他来接替指挥，足见其对皮岛战事的重视，也侧面反映了攻克皮岛的难度之大。
第二阶段由于结果胜利，史料记载相比第一阶段更为详细，
但建奴实录仍然抹去了一部分失利的记载。
在海上清军依然受挫，但毕竟占据了极大优势，最终还是突破了皮岛明军的海上防线，俘获大船72艘。
开始登陆作战后，也并不顺利，建奴在登岛后遭到明军反击，由于没有后援，伤亡较大。
清军在登陆作战中遭到了明军的滩头反击，水师又与登陆部队脱节，无法提供支援，导致了登陆部队失利。
故在第二阶段前期，皮岛战局仍然是“坚守不能克”的状态。
总的来说，正面强攻，明军可以在滩涂上集结大量兵力，抵消掉清军的火力优势，将清军反推下海。
四面环海的孤岛，即是劣势，亦是优势。
但对明军如此，对清军也是如此。
四面环海，意味着清军可以多面夹击，而明军却没有足够人力四面防守。
所以在四月初五，反应过来的建奴重新制定了作战计划。
建奴分兵两路奇袭，以八旗护军精锐为先锋，各步军伴随，负责偷袭皮岛西北隅山嘴。
而以八旗骑兵和四边城军四百以及汉军全军，三顺王军，朝鲜军负责正面佯攻。
同时马福塔石廷柱等人在后压阵，壮大声势，吸引明军注意力。
夜袭时间定在了半晚，在夜幕掩护下分批乘坐小船进攻。
这样即使被明军发现，也可以最大限度地避免被明军火炮杀伤。
四月初六日，阿济格致书皮岛总兵沈世魁，劝其投降，但遭到拒绝。
以至于阿济格在战后还为此骂道：
“再三移檄，指教生道，而渠等不聪，虽尽杀无悔。”
四月初八日晚，清军开始行动。
是夜一更，清军战船散开，战斗开始。
偷袭一路按朝鲜史料说是由马福塔指挥，但看满清方面的记载，马福塔是在后压阵的。
负责偷袭主攻的，是满洲骁将鳌拜和准塔，以及步兵固山额真萨穆什喀。
真正一锤定音的，当是随后跟进的步兵固山额真萨穆什喀部。
其所率的满洲精锐加入战局后，一举杀至西北隅的江科万地方。
另外一路佯攻的清军也挂帆鼓噪而进，全面发起进攻。
明军在腹背受敌的情况下寡不敌众，最终彻底失去对外围防线的控制权。
按建奴的记载，皮岛战役到这里也就结束了。
不过从朝鲜方面的记载来看，在清军攻破皮岛后，残余明军仍然坚持反抗。
明军骑马者千余名，聚会于岛中高峰之上，决死相战，终不下来，至十三日尽为败没。
李朝实录也记载道：“汉之败卒，退保一山，清兵四五百人，仰而攻之，汉人殊死战，故清兵死者甚多，大将一人，亦中丸而死矣。”
从此可知，皮岛失守后，明军仍然坚持抵抗了五天，期间还对清军造成不小的伤亡，甚至击杀了大将一人。
最终，皮岛明军一万余，尽皆战没。岛上军民数万，惨遭屠杀。
总兵金日观战死，这没有异议，而皮岛总兵沈世魁的结局，则有不同说法。
说“世魁即焚仓粟，携家登舟，走石城岛”。
这里可以说是大谬了！沈世魁仅仅是把家眷送去了石城岛，其本人则被擒，后不屈而死。
无论清方还是朝方史料，皆可证实。
李朝实录中则记载更详细“都督使其妻子乘船避去而言曰：
‘我则当死于此”可知其以死自誓矣。’”
朝鲜王更是感慨道“有逃生之路，而效死不去，中国可谓有人矣”。
沈世魁在送走妻子后又投入作战，最终被俘虏，他宁死不降被清军斩首。
满清方面的损失，则较难统计。除了前文所列出登岛作战阵亡的名单，其实还有不少。
但由于清人修史往往忌讳伤亡情况，具体的伤亡已经难以考察，只能从各个书目中推测。
首先，清实录记载骸骨莫能辨识的阵亡人数有40人，另外还有12名中低层军官。
这当然是经过删减，实际伤亡必然大于实录所记。
第一阶段满洲八旗阵亡149人，其中护军参领2人，牛录章京3人，侍卫15人，护军校1人，骁骑校1人，护军及披甲92人，旗人8人，包衣27人。
蒙古八旗则阵亡披甲人12人。汉军阵亡27人，其中牛录章京1人，小拔什库5人，披甲人21人。
三顺王下汉军阵亡72人，其中梅勒章京、甲喇章京10人，披甲人62人。以上总共260人。
但是这并非全部，因为档子末尾还记有不写入档子的字样。
所以实际损失可能远远大于记载。毕竟，能逼得满清投入一个郡王以及八旗护军精锐。
历时足两个月的攻防战役，光军官都死了数十人，清军损失绝不会少，更不用说更弱的朝鲜军了。
参考崇祯二年年愣额礼等人攻皮岛，尚且损失千余。崇祯十年的皮岛之战，清军损失，恐怕更是远超崇祯二年那次。
但无论损失如何，皮岛终究是沦陷了。
明帝国也彻底失去最后一个能牵制满清的军镇，从此清军入关，再无后顾之忧。