“这是哪里啊”周峰迷迷糊糊地睁开了有些惺忪的眼睛，伸了个懒腰，发现自己不在以前的家中，而是在了一个有些熟悉又有些陌生的卧室。
周峰，一个刚从大学毕业的宅男，还是一个神奇宝贝的粉丝，每天除了求职以外就是在玩口袋妖怪的游戏。可当他最后一次玩这个游戏时，电脑突然一片花白，他也不知怎么地睡着了。
“小智，该起床了”一个女声从楼底下传来，“今天可是你成为神奇宝贝训练家的第一天，可千万别迟到了。”虾米？我变成小智了？周峰，不，小智连忙起床，穿着睡衣，跑到镜子前。果不其然，镜子中映出的是一个十岁朝气蓬勃少年的脸。
小智顾不得想自己是怎么穿越的，兴奋极了。耶，我竟然真的成为神奇宝贝训练家了，皮卡丘，我来了。
小智连睡衣都没换，跟**花子打了声招呼便急匆匆地跑向了大木博士的研究所。
小智来到大木博士那儿，小茂正在他一众女友的的包围下从研究所走出来，对小智说：“这么重要的一天你不会忘了吧。”小智心中只想快点见到皮卡丘，哪顾得上他的挖苦，便直接走进了研究所，头也没会。留下了因被当做空气而感到有些不爽的小茂。
大木博士正吃着泡面，见小智来了，便有些无奈地说道：“小火龙，杰尼龟，妙蛙种子都被人挑走了。你来晚了。”
小智只好陪了个笑脸：“大木博士，你总不见得让我空手去旅行吧。你这应该还有备用的神奇宝贝吧！”
“有是有，我事先告诉你，它可不太乖喔。”大木博士叹了口气，还咬了咬牙，显然对皮卡丘很头疼。
“快给我吧！”大木博士把一个画有电气系图案的神奇宝贝球交给了小智，里面的皮卡丘跳了出来，黄色的身体，尖尖的耳朵，还有一只扑闪的大眼睛，看上去真是人见人爱，花见花开，车间车爆胎。可人不可貌相，别看他很萌，但他还是像动画片里的一样，把大木博士，小智和为小智送行的人点了个“外黄里酥”，威力可不是一般的大啊。
小智出发五小时后……
“皮卡丘，不要这么抗拒呀，”小智一脸无奈地对着被一根绝缘的绳子所拖拽着的皮卡丘说，“好歹我们也是伙伴啊，你能不能接受我这个当训练家的！”
“皮丘!”皮卡丘一脸嫌弃地叫到，如果翻译过来的话，应该是……放第16个字母。
这时，天上出现了一道彩虹，一只通体殷红，头戴金翎，酷似凤凰的神奇宝贝从彩虹上飞过。小智一眼就看出这是一只风王，赶紧拿出自己的神奇宝贝图鉴，拍下了这一幕。
这时，不知从哪里飞来了一群烈雀，叫嚣着开始啄击皮卡丘（神奇的原剧剧情，飞行系打电气系还赢了），皮卡丘由于双拳难敌四手，没支撑多久，就无还手之力了。小智奋不故身地保护着被烈雀啄得遍体鳞伤的皮卡丘，送皮卡丘到最近的神奇宝贝中心，躺在怀里的皮卡丘发现自己的训练家其实满不错的。
“乔伊小姐，请为我的皮卡丘治疗。”小智对乔伊小姐说。
“伤得这么重，我马上把他送入急诊病房”乔伊小姐看了皮卡丘的伤势，神情有些凝重。
小智来到视频通话机前，打给了大木博士，看见大木博士又在吃泡面，说：“打搅了，我拍到了一只神奇宝贝，和神奇宝贝中心的图腾有些像。”
“那可是传说神奇宝贝，快发过来”一听到这个，大木博士连忙放下泡面，认真起来。
小智把照片传了过去，大木博士一看，顾不上和小智聊天，挂断了电话，研究起来。
大木博士对神奇宝贝的痴狂可谓是无与伦比啊！小智在心中感叹道。
等了很久，皮卡丘被推了出来，看上去精神不错，还友善地对小智叫了一声。
这时，灯突然暗了，两个人的声音出现在了众人的耳边。
（武藏）既然你诚心诚意的问了，
（小次郎）我们就大发慈悲的告诉你！
（武藏）为了防止世界被破坏，
（小次郎）为了守护世界的和平；
（武藏）贯彻爱与真实的邪恶，
（小次郎）可爱又迷人的反派角色~~
（武藏）武藏！
（小次郎）小次郎！
（合）我们是穿梭在银河的火箭队！白洞，白色的明天在等着我们！！
（喵喵）就是这样~喵~~~~
奇怪，火箭队好像没有出现的那么早吧！不过既来之则安之，看皮卡丘怎么打跑他们。小智心想。
“阿伯蛇（瓦斯弹），出来吧！”小次郎和武藏同时召唤出了他们的神奇宝贝，想要他们帮忙偷在回复体力的神奇宝贝。
“这还有个小鬼头的神奇宝贝！”武藏眼尖，看见了皮卡丘。
“瓦斯弹，瓦斯烟雾！”“阿伯蛇，缠绕！”武藏和小次郎同时发起了攻击，想要占个先机。
“不愧是火箭队，真是不要脸。但我的皮卡丘可不怕你。皮卡丘，电击！”小智指挥道。只见皮卡丘的身上无数道电流闪过，火箭队还没反应过来，就被炸出了窗外，变成了天边一颗明亮的星星，一声“我们还会回来的”可谓是响彻云霄。不过同时，一辆黄皮单车也被炸成煤了，旁边的一个女孩看着自己的自行车，可谓是心痛不已。
待小智和乔伊小姐清理好残局之后，小智又要出发了。“谢谢，”乔伊小姐说道,“要不是你，神奇宝贝说不定都要被偷走了，作为答谢，我就送你几个神奇宝贝球吧，里面还有一个大师球。”
小智有些不好意思：“谢谢，我正好忘了从大木博士那拿神奇宝贝球了，再见。”“不要逃，赔我自行车。”一个黄头发的少女冲了进来，“你的皮卡丘把我的自行车弄坏了，赔车！”
“我没钱，要不你和我一起旅行，等我有钱了再还你吧，小霞！”小智见是小霞，便想到了原来小智和小霞那深厚的友谊，便说道。
“那……”小霞想了想,“好吧……等等,你怎么知道我的名字？”
“不要在意这些细节，走吧！”小智招招手，便往前走。
“等等我！”小霞连忙跑上去了。
又有新同伴加入，小智和皮卡丘都很高兴，便和小霞一起走进了森林。