主角在神使王军团的权力架构中，基本上排除了蚁后的权力地位。
因为主角觉得，赋予蚁后比之前更多的政治权力毫无必要。
首先，神使王军团中就没有蚁后参政的传统。
作为神使王军团中占据优势地位的蚁族，大头蚁一族的行为习惯和政治体制，基本沿袭自旧大头蚁王国时期，是一个典型的雄蚁制国家，一直都把蚁后排除在权力架构之外。
从最老王和蚁后传承派系的情报来看，旧大头蚁王国历史上也曾经执行过蚁后制，不过后来被雄蚁制取代了，雄蚁们自然而然也严防死守蚁后们对权力的触碰。
不只是大头蚁一族没有蚁后参政的传统，其他7个蚁族中，绝大部分也是雄蚁制，只有切叶蚁一族内部是蚁后制，猎镰猛蚁一族内部是雄蚁制。
主角不打算干涉各个种族推选出来的代表是蚁后、雌蚁还是雄蚁，但在大头蚁一族内部，主角决定尊重传统，让蚁后远离政治。而在整个军团范围，也必须坚持雄蚁制。
毕竟，主角自己就是雄蚁，虽然要限制其他雄蚁的权力，但是绝不能推翻雄蚁制，不然就是否定了神使王专制的合法性。
其次，主角有了神工蚁、神兵蚁、大工蚁阶层的支持，已经足以制衡势力最强大的雄蚁阶层，没有必要再扶持一个新的阶层来分权。
一个新生的蚁后政治阶层，又不像神工蚁、神兵蚁那样与自己有血脉相连的羁绊和自然而生的亲近感，也不像大工蚁阶层一样需要仰仗主角力排众议提供的高级食物来维持。
一个古老的、不受主角约束的、又不可能将其消灭的阶层，是主角绝对不希望看见的一股政治力量。
最后，蚁后的生理情况让主角也觉得她们暂时不适合参与会议和工作。
绝大部分蚁后一年中有大半年都处于腹部膨胀臃肿的生育阶段，连移动都困难，又怎么去参加会议和执行分配到的任务呢？
切叶蚁一族的蚁后大会很少召开，只有重要事项才会把会议成员全部召集起来，平常话事的都是些资历很老、年纪已大、生育能力下降得厉害甚至没有的老蚁后，她们倒没行动困难的问题。
但神使王军团里，目前最年长的蚁后也才不到三岁，也就是相当于人类二十岁左右的年纪。。。远没到过了更年期无法生育的地步。
主角总不能每次开会都得等蚁后大腹便便的慢慢挪过来吧！
至于雌蚁制，比如子弹蚁一族还，据主角所知，其权力机关中地位较高的雌蚁，相当于常委，都必须放弃生育，甚至非常残忍的阉割掉生殖器官，活下来的雌蚁才能进入权力顶层，放弃生育以全身心领导蚁族。
猎镰猛蚁们倒没这么残忍，只不过她们天生喜欢分散成小群落，围绕在一个个蚁后或雌蚁身边，互相之间不怎么沟通。连她们一族的蚁族大会，这些散漫分子都没啥兴趣，主角还得让大头蚁们协助她们建立起会议机构。
综合考虑，主角决定还是在大头蚁等大部分一族中禁止蚁后和雌蚁染指权力，只能享受较高的地位和丰厚的物资供应。
而切叶蚁一族实行蚁后制，但雄蚁和雌蚁也都要参政，至少在切叶蚁一族的蚁族大会中各占据20席位置。猎镰猛蚁一族的蚁族大会也与之类似。
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主角还需要建立一套行政机构来执行政务，一开始他考虑的很复杂，要让权力机构和行政机构分开，但后来考虑到蚂蚁国家本身还很原始，他还是放弃了仿照成熟的现代人类国家的那一套体制。
在他的新规划里，各机关的首脑本身就应该获得各族联合会议以及蚁族大会的代表资格。
比如锹象是军团长，他不可能当着军团长却不能入选代表，也不可能为了代表资格就放弃军职。
“小秘二世”也一样，身为科研组绝对的顶梁柱，不可能放弃本职，也不能不给一个代表职位。
那就干脆合二为一，这样会议室通过的议题也就正好分配给相关代表去执行，还省了一道权力机关向执行机关发文的步骤。
人类古代文明，也长期权力机关和行政机关不分开，这样的体制更适合早期文明的实际情况。
但主角还是计划建立了几个专业机构，负责管理越来越复杂的经济社会活动。
事实上，主角以前在就分工建立了常备军、建筑队、农业队、征粮队、杂役队的编制，但这种行政架构还非常原始，也远不能有效管理越来越先进的生产方式。
这一次，主角决定根据目前的发展水平，建立几个专业机构，各司其职。
在主巢，神使王军团将设军事部、财务部、蚁口部、农业部、工业部、科研部、工程部、交通部、外交贸易部、教育部十个部。
其中军事部负责配合神使王指挥和协调军队的行动，也负责军事后勤等相关事宜，下辖参谋处、后勤处、征兵处、训练处、驭兽处、军工处。目前部长由锹象兼任。
参谋处计划由因老病伤残而退役的军官组成，让他们发挥余热，也协助主角决策军事行动。日后，也将考虑专门开设学校培训专门的参谋型蚂蚁。
后勤处负责军队后勤物资的筹集、运输和供应，有专门的军事运输队，与交通部的民用运输队分设。
征兵处负责根据常备军团的缺额及时补充兵力，也负责组建新部队。
训练处负责军队的日常训练。原先日常训练是由各军团自行组织，现在将训练权剥离出来，这样更加专业，也削弱军团长对军队的全方面掌控。
驭兽处负责苍蝇、甲虫等驭兽的驯化、饲养，这一类军事用途的驭兽的养殖场从农业部的养殖场里分离出来。
军工处负责军队相关的工业生产，因为炼铁高炉等作坊都归工业部管理，所以这个处目前主要起到协调的作用。但日后随着生产力发展起来，将会有专门的军工厂和军事科研团队归其管理。